Puoi creare due semplici funzioni su un frae della timeline principale che richiami dai due eventi di ogni clip:

codice:
function reset(theClip){
   theClip._alpha = 0;
}

function fade(theClip){
   if(theClip.hitTest(_root._xmouse, _root._ymouse, true)) { 
      if(theClip._alpha < 100) { 
         theClip._alpha += 5; 
      } 
   }else{ 
      if(theClip._alpha > 0) { 
         theClip._alpha -= 5; 
      } 
   } 
}
poi farai:

codice:
onClipEvent(load){
   _root.reset(this);
}

onClipEvent(enterFrame){
   _root.fade(this);
}