Perchè non utilizzare solo il flash? Secondo me è più semplice. Potresti creare un filmato con più scene, una scena per ogni "diapositiva" e spostarti da una diapositiva all'altra per mezzo di pulsanti che creerai su ogni scena. Dopo aver terminato il lavoro di realizzazione delle scene/diapositive (inserimento immagini, animazioni, codici di stop, tasti, suoni, e tutto quello che flash permette di fare)ricordati di inserire sul primo frame della prima scena del filmato il comando:

fscommand("fullscreen", "true")

Salva il filmato come "proiettore" ovvero come .exe (In publish settings selezioni la voce "windows projecor").
Con il file finale che hai ottenuto (es. tesina.exe) puoi tranquillamente creare un cd autopartente: apri un semplice file di testo e scivici dentro

[Autorun]
OPEN=tesina.EXE

e salva. Per finire, rinomina il file di testo appena creato in autorun.inf

Copia su cd i due file (tesina.exe e autorun.inf) per ottenere la tua bella tesina autopartente in modalità schermo intero.
Spero di essere stato abbastanza chiaro...ciao