Potresti inglobare il Menu nell'animazione ovvero rifacendolo in Flash.

Diversamente potresti creare solo il menù in flash, richiamandolo a livello 1 (superiore rispetto all'animazione di base).

Questa ipotesi però ti porterebbe a cambiare scene o animazioni sempre in flash.

Altrimenti cambia tipo di menù o struttura html.

nel sito flash-mx ne trovi tanti di tutorial relativi ai menu.

Ciao