Bhe è un grosso vantaggio il poter caricare su più livelli vari swf mantenendoli tutti funzionali.

Per evitare questo problema carica tutto sullo stesso livello e on dentro un mc:

on(release){
loadMovie("clip.swf",0);
}

0 è il livello della _root. Cosi però scompare tutto quello inferiore.

Oppure puoi associare al pulsante un comando del tipo:

(quello che non mi interessa)._visible=0;