Devi usare un solo ciclo:
codice:
Line Input #1, record
Do While Not EOF(1)                   'Fino alla fine del file
   if Left(record, 3) = "500" then    'Se record identità 
      cont = cont + 1
      Label1.Caption = cont
      a.writeline (Trim(Mid(record, 43, 19)) & vbTab & Trim(Mid(record, 16, 25)))
   End If
   Line Input #1, record              'Linea successiva
Loop
Se devi aggoiungere altri controlli o operazioni ti conviene farlo all'interno dell'if