Se come imput intendi quello dal prompt Java non è il massimo della comodità... io ho sempre usato una classe (SimpleReader) sviluppata dal mio professore all'università. È piuttosto comoda, la puoi trovare nel package scaricabile da qui:

http://cabibbo.dia.uniroma3.it/fiji/sorgenti/fiji.html

Se dai un'occhiata al sorgente credo si capiscano anche i meccanismi...

Spero ti sia utile