Sei sicuro che nella pagina del3.asp non ci sia un redirect che ti riporta alla pagina precedente?
Prova così
codice:
function eliminaRecord(idFile){
  msg = "State per cancellare il file selezionato.\nFate click su Ok per confermare l'eliminazione o Annulla per uscire senza cancellare."
  if(confirm(msg)){
    alert("Minghia! Hai deciso di cancellare o file!")
    location.href="del3.asp?idFile="+idFile;
  }
}
così vedi se funzia il confirm
facce sape'