Devi ricordarti l'oggetto associato alla popup:

<script ...>
var oggpopup;
...
function apripopup(){
oggpopup = window.open .... ;
setTimeout('oggpopup.close()', 10000); // si chiude dopo 10 sec
}
...
</script>

<body ... onload="apripopup();">


Ciao
Michele