Fammi capire... tu dal server leggi il File e poi dove lo scrivi?
Nella pagina html dell'applet?
Oppure lo passi all'applet tramite una connessione.

E poi scusa, le applet non possono accedere al file system del client, a meno che non siano certificate, o che il client modifichi la policy di sicurezza delle applet.

Scusa, ma ancora non ho inquadrato bene la tua situazione.