Grazie per la risposta Iguane.

Allego il codice per meglio spiegarmi:

<div id="Layer1" style="position:absolute; width:200px; height:0px; z-index:1; visibility: hidden; top: 314px; left: 117px;" onMouseOver="MM_showHideLayers('Layer1','','show') " onMouseOut="MM_showHideLayers('Layer1','','hide')" >

Con questo codice, ridimensionando la finestra il layer cambia posizione rispetto a quella da me desiderata.
In realtà mi rendo conto che ho bisogno di NON bloccare il layer, bensì di farlo posizionare "dinamicamente" in base alle dimensioni della finestra stessa.