Per il tuo problema vedo 2 soluzioni:

- includere l'audio assieme al menù, se vuoi tenere la musica per tutta la durata della navigazione

- usare FlashSound che serve esattamente a questo:
www.sonify.org/flashsound/index.html
Ti segnalo che al momento di scrivere Sonify sta traslocando server e si scusa di avere il file .js irreperibile.

Controlla il codice di questa pagina:
http://sonify.org/flashsound/kungfu/
per farti un'idea di come si usa FlashSound.