Ciao bradipus,

a meno di non essere clamorosamente smentita, il "trucco" che hai tentato di usare non funziona né funzionerà mai per il semplice motivo che quando il tuo browser visualizza una pagina web non fa altro che leggere il nome del font nel codice della pagina e andarlo a cercare all'interno della cartella di sistema. Se lo trova sei a cavallo, se non lo trova lo sostituisce con quello di default ma non fa assolutamente un'operazione di download dei font dal sito stesso (che è quello che, da quanto ho capito, hai cercato di fargli fare).
Quindi mettere i font sul server nella stessa cartella che contiene le pagine non serve a nulla.
Quello che puoi fare è semplicemente usare font molto comuni e diffusi per i tuoi testi e ampliare la gamma di font ai quali il browser possa attingere: per es. invece di dire "Verdana" indicare "Verdana, Arial, Helvetica, sans serif" ecc tanto per dare un esempio.
Se e quando hai la necessità di usare un font particolare puoi affidarti alle immagini per le quali il problema non si presenta più.

Quanto al colore dei link non mi è molto chiaro quale possa essere il motivo, cosa hai scritto nel codice della pagina? Per caso stai usando un foglio di stile?