per sapere che porta usa un programma devi leggere le note tecniche del produttore...

esempio:
messenger:
sia sul sito microsoft e nelle faq di messenger si trova qualcosa a riguardo della configurazione con firewall e proxy

lo stesso per tutti i programmi!

puoi anche tentare di scoprire che porte sta aprendo ma non e' un lavoro pulito..
magari dopo ne apre altre ..ecc...
da dos:
NETSTAT