window.close() chiude la finestra corrente (quella dove e` lo script). In effetti window. (sinonimo di self. ) rappresenta l'oggetto della finestra corrente. In caso di frame, occorre usare l'oggetto top.
Per chiudere un'altra finestra:
var oggfin = window.open(....);
...
oggfin.close();
Questo funziona quindi solo nella pagina dove hai aperto la finestra. Per altre pagine, occorre usare dei trucchi.
Ciao
Michele