Supponevi be va sostituito il

window.frame[0] con window.top.frames[0]

inoltre ho fatto qualke prova e l'unico problema che sembra verificarsi è che, se la tabella nel frame inferiore è troppo grande, quindi c'è uno scrolling orizzontale, si diseallinea con quella del fram superiore che non può scrollare, di seguito ci sono le tra pagine di prova che ho fatto:

frame.html
<html>
<head>
</head>
<frameset rows="20%,*" >
<frame src="pagina1.html" name="header" >
<frame src="pagina2.html" name="principale" >
</frameset>
<noframes>
<body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
</body>
</noframes>
</html>

pagina1.html
<html>
<head>
</head>
<body>
<table border=1>
<tr>
<th id="th1" style="width: 1px;">Title col 1
</th>
<th id="th2" style="width: 1px;">Title col 2
</th>
<th id="th3" style="width: 1px;">Title col 3
</tr>
</table>
</body>
</html>

pagina2.html
<html>
<body>
<table border="1">
<tr>
<td id="td1">blablablabla</td>
<td id="td2">blablablablablablablabla</td>
<td id="td3">blablablabla</td>
</tr>
<tr>
<td>bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla </td>
<td>bla bla bla bla bla bla bla bla bla </td>
<td>bla </td>
</tr>
<tr>
<td>bla bla bla bla </td>
<td>bla bla bla bla bla </td>
<td>bla bla bla bla bla bla </td>
</tr>
<tr>
<td>blablablablablablablablablablablablablablablab lablablablablablablablablablablablablablabla</td>
<td>blablablablablabla</td>
<td>blablablablablablablablablablablabla</td>
</tr>
<tr>
<td>blablablablablabla</td>
<td>blabla</td>
<td>blabla</td>
</tr>
</table>
<body>
</html>
<script>
window.top.frames[0].document.all.th1.style.width = (document.all.td1.offsetWidth);
window.top.frames[0].document.all.th2.style.width = (document.all.td2.offsetWidth);
window.top.frames[0].document.all.th3.style.width = (document.all.td3.offsetWidth);
</script>