E' un problema di security (ad occhio e croce)... l'utente con cui gira ASP.NET non ha diritti sufficenti per lanciare applicativi di quel tipo.

Avevo avuto lo stesso problema con ASP

Le soluzioni sono 2:

1 fai salire di livello l'utente con cui gira ASP, ma di contro renderesti l'ambiente di produzione piu vulnerabile...

2 oppure puoi scriverti una DLL (magari un semplice COM) che giri con un utente apposito che abbia appositi privileggi e che stanziera' per te questo tipo di applicativi.