Io una cosa del genere l'ho messa nella mappa dle mio sito, e per risolvere il problema ho usato un metodo, come dire drastico: ho creato una pagina in cui ho inserito il primo livello, poi ho creato una pagina per ogni sotto-livello; io ho fatto così perchè la mia mappa non è in una popup, ma viene caricata nella finestra principale e poi i sotto-livelli sono pochi; se devi inserire molti sotto-livelli potresti provare a risolvere il problema creando un'organigramma in flash, licensa consentendo.