Anche io consiglierei Postgresql, ma visto che si tratta di un'applicazione locale e non client/server (e questo implica che al 99% il pc su cui girerà il sw sarà windows-based), direi MSAccess o appunto FileMaker.
SQLServer, Oracle et similia mi sembrano un po' esagerati.
Access inizia a faticare dai 50.000 record per tabella in su, filemaker non l'ho mai spinto al limite.