Ciao enpenzieri,

nella finestra madre (dove si trova la combo) metti una funzione tipo questa
codice:
function AggiungiOption(testo,valore){
  cc = document.NomeForm.NomeCombo.options
  cc[cc.length]=new Option(testo,valore)
}
e dalla popup
codice:
window.opener.AggiungiOption('Quello che vuoi','1')