L'unico elemento per referenziare tale finestra e` il suo nome (secondo parametro di window.open).

Pero` per la chiusura hai bisogno dell'oggetto.

Quindi devi prima ricrearti l'oggetto, poi chiudere la finestra:

function chiudifin(nome) {
var ogg = window.open("",nome,"");
ogg.close();
}

Questa funzione va chiamata passando il nome delle finestre da chiudere.
Lo svantaggio e` che se le finestre non sono aperte, prima le apre e poi le richiude.

Ciao
Michele