La codifica %XX non l'ha inventata microsoft (sembra strano ma è così), ma è specifica del web.
Un URL con spazi particolari viene sempre codificato nei corrispettivi elementi.
questo perchè la stringa non può avere elementi di disgiunzione, come lo spazio bianco appunto.
Microsoft, purtroppo esiste, ed ha utilizzato lo stesso schema per codificare il nome di un file, questo spessa porta a conflitto i servers linux e a volte persino IIS.
In pratica tu hai un link di questo tipo: <a href="mio file.html"> ma il server lo vede così: <a href="mio%20file.html"> quindi non lo trova.
In pratica, devi rinominare tutti i files, chiamandoli mio_file.html sia in locale, che sul server, e cosa ancora più tediosa, in tutti i links che fanno riferimento ad essi nelle tue pagine.
E' palloso all'inizio, ma prendila come abitudine, fai tu le tue scelte, e non lasciare che altri (Microsoft) le facciano per te, perchè poi i bugs si riperquotono solo sul tuo stato d'animo