Scrivi il codice così:
<a href="javascript:window.open('pagina.htm', 'newWin', 'scrollbars=no,status=no,resizable=no,top=150,left =150,width=500,height=315');"link</a>.

Ossia non mettere l'azione nel onClick ma direttamente nell'href, così la pagina non fa un reload e non ti ritorna in alto.