nell' html del pop up metti:
<html>
<head>
</head>
<body>
<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
function closeWin(){
window.close()
}
function timer(){
timerID = setTimeout("closeWin()", 4000)
}
</SCRIPT>
la finesta si chiuderà frà 4 sec.
<script>
timer();
</script>
</body>
</html>