nell' html del pop up metti:
<html>
<head>
</head>
<body>

<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
function closeWin(){
window.close()
}
function timer(){
timerID = setTimeout("closeWin()", 4000)
}

</SCRIPT>
la finesta si chiuderà frà 4 sec.
<script>
timer();
</script>

</body>
</html>