beh... sarebbe così
codice:
if ($condizione) 
{ 
echo "<script language=javascript>alert('ciao');</script>"
} 
else 
{ 
# se no 
echo "Ciao" //visualizzo ciao 
}
però tieni presente che quando il codice arriva al browser la renderizzazione si blocca dove trova l'alert (e continua dopo aver clickato ok)
sarebbe meglio farlo all'onload