Il server è unix, ovvero:
Il DOS e Win XP (da allora è sempre stato così) per terminare una riga usa due caratteri, cioè un new-line (#10) e un carriage-return (#13).
Uno termina la riga ed uno gli dice di andare a capo.
Negli Unix-like, il terminatore è solo new-line cioè il carattere 10.
E' probabile che quando carichi sul server il programma di ftp, converta i caratteri di terminazione riga.
Per questo il programma wordpad (ma perchè usi costui? meglio notepad), ti fa vedere tutto su di un'unica riga, mancandogli il carattere 13.
Mentre DW, tenta di convertire o comunque di capire cosa ha di fronte e ti mostra dei caratteri di spaziatura. (il quadratino)

Un trucchetto è questo, per convertire un testo unix in uno dos, è quello di aprire il file con notepad, evidenziarlo , fare taglia e incolla dentro wordpad e .... fatto, testo convertito.

Altra cosa molto più importante, controlla tutte le opzioni del tuo programma ftp, eventualmente cambialo, Filezilla è molto intuitivo e pratico oltre che funzionare benissimo ed è anche gratuito che non guasta.
Controlla anzi assicurati del tipo di server che ti sta fornendo il servizio di hosting, o meglio il sistema operativo su cui è montato.

Per ora questo è tutto ciò chemi viene in mente.