Grazie per la risposta, ho provato a fare come mi hai suggerito. Dopo aver esportato da illusrator il file come EPS ho importato quest'ultimo in InDesign ma il risultato non cambia molto. Nel PDF infatti il logo si vede in maniera non perfetta ma se mando la pagina del pdf in stampa nel foglio viene stampato perfetto
Hai qualche altra idea?

qui il risultato della prova che ho fatto.

http://www.zammu.it/my/test2.pdf