anche io ho dovuto fare una cosa del tutto analoga ma l'unica cosa che puoi fare è la seguente:

nel tuo file *.exe devi mettere un link che ti apra una finestra di explorer (io di solito faccio aprire un pop up con un logo). A questo punto in questa pagina html metti il tuo javascript e all'onLoad fai aprire la tua finestra che deve andare in fullscreen.

e' l'unico modo.