Succede perchè i "pezzetti" di immagine originale che hai ritagliato per poi sovrapporre e regolare di opacità, hanno i bordi netti e non sfumati...

questo è un metodo per photoshop, ma credo vada bene per i maggiori software di fotoritocco esistenti:

il mio consiglio è di operare in questo modo:

scegli lo strumento selezione (rettangolare o anche circolare, a tua scelta, oppure se sei più pratico qualsiasi sistema che ti crei una selezione) per evidenziarti la porzione di immagine che vuoi duplicare da utilizzare successivamente per fare il giochetto delle trasparenze e opacità...

applica una sfumatura allo strumento selezione (prima di effettuare l'operazione, importante) e poi effettua la selezione sull'immagine per prelevare la parte che ti interessa.

Fai copia e incolla e ti troverai un nuovo livello con la parte selezionata, ma questa invece di avere i bordi netti, li avrà sfumati dell'ordine di pixel che avevi prescelto nella casella "sfuma"...

fai delle prove per vedere qual'è la dimensione di sfumatura che più ti aggrada, ripeti l'operazione di copia incolla quante volte vuoi e infine applica il filtro all'immagine originale.

Dopodichè potrai giocare coi livelli duplicati in precedenza, senza che si notino più le fastidiose linee di distacco che ti compaiono ora...