Ok, probabilmente è come dici tu. Ma non pensi che sia una grossa mancanza il fatto che non ci sia un metodo in grado di restituirti il percorso completo? Secondo me è un controsenso che il JFileChooser può essere impostato come selettore di sole directory ma non è possibile recuperarne la selezione precisa!

Ti spiego il mio prblema più nel dettaglio così magari riesci a darmi una dritta su come risolverlo:
Ho un'applicazioncina che permette di effettuare alcune operazioni con i files. Ho messo un menu "Preferenze" dal quale l'utente dovrebbe potersi impostare i percorsi predefiniti di apertura e salvataggio files, in modo che quando selezioni le voci "Apri" o "Salva" dal menù files si trovi la finestra di selezione file posizionata sul punto desiderato. Il problema sta proprio nel recuperare il percorso desiderato! Con il metodo getAbsolutePath() riesco ad ottenere quello superiore di un livello...