uno dei programmi più usati per le animazioni 3d è Swift3d, ma prima di poter fare un sito con delle anim 3d è meglio avere una buona conoscenza di flash. Prova a cercare un po di tutorial su flash e il suo utilizzo di base...una volta imparato tutto ciò che serve per creare una animazione semplice in 2d potrai spingerti sul più complesso sfruttando Swift3d.
Un altro programma per creare oggetti 3d e animaz è 3d Studio Max...ma la storia si complica parecchio con questo. Swift è strutturato all'incirca come flash quindi ti consiglio di farti una full immersion di flash.

Buon lavoro e buono studio.