guarda io queste righe l'ho messe un pò ovunque e non ho problemi
codice:
Me.RegisterStartupScript("test", "<script language='javascript'>alert ('tuo_testo');</script>")
la sintassi è giusta perciò l'unica cosa che mi viene in mente è di controllare altrove.

Cmq io questa sintassi l'utilizzo dentro ad un codice behind perciò credoc eh su metti questo codice all'interno dei tag script nella pagina ASPX non ti riconosce Me.RegisterStartupScript