In XHTML il JS e` valido.

Occorre fare attenzione a come si inserisce lo script, e non commettere errori nello script (molto comuni se uno e` abituato a lavorare in jscript).

Se hai probelmi specifici, posta il codice che non viene validato, specificando anche che validatore usi (tutti contengono errori) e che errore ti viene segnalato.

Ciao
Michele