Secondo me ... dipende.
E' vero che c'è ancora chi usa Netscape 4, ma non sono nemmeno poi molti...
Direi che devi vedere tu, caso per caso, se vale la pena 'rinunciare' ad alcuni utenti ma avere la comodità della trasparenza e quindi un facile inserimento nelle pagine, o se viceversa preferisci perdere un po' più tempo per 'piazzare' il menu e non dover perdere una fetta, per quanto piccola, di potenziali utenti.