In pratica ti dice che installando il programma potresti sovrascrivere alcuni dei file persi. Questo succede perchè lo spazio occupato dai file è considerato libero dal sistema e quindi può decidere di scriverci sopra.

Ad ogni modo, potrebbe succedere la medesima cosa accendendo il computer o utilizzando qualsiasi programma, quindi mi sembra una precauzione ormai inutile.