Con FW MX il problema pare risolto. Putroppo il menu è posizionato rispetto all'angolo superiore sinistro della finestra di lavoro di FW4 e quando esporti e magari lo metti in una tabella che poi centri si disallinea. Per rimediare devi andare a modificare le coordinate nel codice javascript del menu. Una soluzione è di costruire tutta la testata del sito (header e menu pop up) in FW dandogli 780 pixels di larghezza in modo che, centrata o no, occupi sempre tutta la larghezza della finestra del browser. Comunque il codice lo trovi nella sezione BODY: la riga da cercare è questa

on MouseOver="Window.FW_showMenu(window.fw_menu_0,145 ,82);"

145 e 82 sono i valori delle coordinate x e y , modificale e vai per tentativi usando la finestra codice di Dreamweaver