se basta che la popup ritorni in primo piano quando viene lanciato il refresh

tua_pop=window.open(...etc etc...)
tua_pop.focus()

se vuoi che la popup resti sempre in primo piano ma sia possibile ricliccare x aggiornare la faccenda si complica un po':
se la finestra si riprende automaticamente il focus appena lo perde non ti permette di cliccare sul pulsante (nella pricipale) che l' ha fatta aprire (nč di usare x es. campi di form presenti nella popup stessa)

puoi temporizzare questo comportamento aggiungendo
<body onblur="setTimeout('self.focus()',500)">
nella pagina aperta in popup

ti consiglio cmq di dare un' occhiata a questa discussione
ciao