Veramente, se posso muovere una critica, mi sembra un folle chi ti ha suggerito VirtualDub per spezzare degli MPG.

VirtualDub non lo può fare. Punto.
Esattamente come sa specifiche, VD supporta MPG solo in lettura, tanto per facilitare la transcodifica se a qualcuno serve.
Ma è nato e resta un tool ad uso e consumo degli AVI.

Io stesso non saprei cosa consigliarti al posto di TMPGEnc.
Perché ti sta antipatico?