intanto nelle opzioni di pubblicazione di flash -> html -> window
specifica opaque windowless o transparent windowless
(mi sembra sia consigliabile il primo perchè stressa meno la cpu)

inserisci tutto il tag object/embed dell' swf in un div
e specifica nello style del livello uno z-index inferiore a quello del livello che deve posizionarsi sopra all' swf

a questo punto spera che l' utente abbia un flash player aggiornato:
stanno estendendo quella che prima era una feature valida solo con IE agli altri browser,
con la recente release del fp anche con mozilla & co. dovrebbe funzionare

ciao