Calcola il MD5 Sum del file prima di masterizzarlo, e poi ricalcolalo nel file masterizzato sul CD.
Se i due MD5 Sums coincidono il file che hai sull'HD ed il file che hai sul CD sono IDENTICI.

http://www.md5summer.org/

(maggiori info http://www.linuxiso.org/viewdoc.php/verifyiso.html qui c'è scritto che è per i files .iso, ma va bene per tutti i files, indipendentemente dall'estensione)