la differenza è notevole, il primo apre una finestra in fullscreen
(ti ricordo che può funzionare solo su IE WIN)
specificare width e height serve per i browser che non supportano il fullscreen, altrimenti va a tutto-schermo

il secondo script è una chromeless (una versione un po' vecchiotta),
serve ad avere finestre senza barre (quindi come un fullscreen) ma con dimensioni da te specificate

ti consiglio di scaricare il codice da www.chromeless.org
e di leggere con attenzione il thread riguardante le vecchie chromeless ed i problemi che scaturiscono con ie6 + service pack
(trovi il link in "script / discussioni utili" in cima alla pagina)

ciao