dipende dalla tecnologia che utilizzi per l'interfacciamento al server:

1. se vuoi usare asp allora devi usare un server win cn IIS
2. se vuoi usare jsp allora devi usare linux con tomcat

Dettagli tecnici non so dirteli ma la differenza sostanziale è che la tecnologia che si basa su linux è free mentre per win devi pagare licenze molto costose.

spero di esserti stata utile
ciao ciao