Bho...io cambiando top e left prima a 0 e 0, e poi a 400 e 400 non c'è nessun cambiamento.

Non c'è qualcosa che magari dovrei dire alla pop-up direttamente del tipo:"Cara pop-up, apriti al centro dello schermo, se non ti disturba."
Al posto di dirglielo alla pagina dalla quale parte l'azione.