E' un bug noto di VirtualDub, corretto con la recente v 1.5
Purtroppo per te Nandub è basato sul vecchio core di VD 1.4.9

Se puoi usare VD, fallo.
Per risparmiare una decina di mega senza perdita ti basterà alleggerire l'audio interleaving (ad esempio ogni 1000 frames anziché ogni 1) e salvare tutto in Direct Stream Copy.

www.virtualdub.org