Si. Nella pagina html metti:

codice:
<PARAM NAME="FlashVars" VALUE="value=1">
per selezionarlo, e:

codice:
<PARAM NAME="FlashVars" VALUE="value=0">
per lasciarlo deselezionato.
Nel primo frame del filmato, invece, scrivi:

codice:
check_ch.setValue(value);
dove check_ch è il nome di istanza del checkbox.