Per le dimensioni, ficchi l'swf in una tabella centrata delle dimensioni in px che vuoi. Ovviamente, chi ha risoluzione alta vedrà dello spazio vuoto intorno. Se vuoi che la pagina sia delle stesse dim. dell'swf, devi fare una popup.

Per il resto, a quanto ne so io nn è possibile (ho postato a lungo e invano, tempo fa, perchè volevo la stessa cosa ).
Gli aggeggi che vuoi eliminare infatti, dipendono dalle impo che il visitor ha dato alle finestre del suo browser, non ci si può fare niente, mentre le pop sono js, quindi il browser legge le tue, di istruzioni.
Io ho risolto facendo aprire una popup di 600x800 a partire dalla home; anche qui però, chi ha risoluzione alta vede il buco intorno.