Le gif si fermano quando viene richiamato uno script con un link simile:
<a href="javascript:funzione()">

oppure:
<a href="javascript:void()" onclick="funzione()">

Il problema nasce dal fatto che il browser, quando si clicca su un link, ritiene che la pagina visualizzata debba essere sostituita da un'altra e quindi non e' piu' necessario mantenere le animazioni perche' a breve non saranno piu' visualizzate.

Per ovviare all'inconveniente e' sufficiente informare il browser che non si intende cambiare pagina... sfruttando il fatto che se il valore restituito dalle funzioni richiamate con l'evento onclick e' false, il browser interrompera' l'azione indicata con href e quindi dovra' rimanere nella pagina corrente.

Pertanto occorre modificare i link in questo modo:
<a href="quellochevipare" onclick="funzione();return false;">

ciao