Salve.
Ti consiglio di installare XPpro SP1a nella partizione primaria formattandola in NTFS (non in Fat32!) e nella seconda installa un buon 98SE. Così sarà molto più semplice gestire i dati della seconda partizione (NB: non lanciare mai programmi da un'altra partizione ).
Se invece parti con Win98 ricorda che non potrai vedere la partizione di XP perchè è in NTFS.
Quindi, oltre alle due partizioni, ti consiglio una terza partizione più piccola in Fat32 (da 1 o 2 giga) con cui puoi passare i dati da una partizione ad un'altra.
Infine dalla partizione primaria (proprietà delle Risorse del computer) puoi decidere se far partire solo un sistema operativo o aumentare e diminuire il tempo di visualizzazione per la scelta del S.O.
Al limite installa nella primaria Win98SE e nell'altra ciò che vuoi.
Per quanto riguada i conflitti, se i S.O. sono installati a dovere non ci dovrebbero mai essere problemi.
Spero di esserti stato d'aiuto. (capitasse a me che mi risponda qualcuno!)
Saluti.