Ciao
Il browser interpreta il link per aprire la PopUp come se tu stessi per cambiare pagina, di conseguenza ferma tutto quello che si trova nella pagina corrente.
I due esempio che ti ha fatto Longuflumini (ha aggiunto un msgbox di alert) nel primole gif non si fermeranno, nel secondo si.
Se devi sare un link ad una funzione il JS e non bloccarele gif animate devi usare qusta sintassi:
<a href="" onClick="nome_funfione();return false;">
Massimo