Nessuna penalizzazione. La cosa può (dico "può") essere assolutamente normale.
A fronte dei cambiamenti che Google sta facendo, è normale che alcuni siti salgano ed altri scendano. Inoltre il continua tirare avanti ed indietro vecchi dati, evidentemente delle anomalie (se di ciò si tratta) sono normali.

Nelle settimane passate è successo anche a me e dopo un po' i risultati sono riapparsi senza che io facessi nulla.

Ti consiglio di aspettare un po'.

Comunque, per una risposta certa andrebbe visto il sito e tutta la storia. Così sono solo congetture.