Per avere il layer sempre al centro puoi usare l'attributo margin:auto (da inserire singolarmente, cioè margin-left, margin-right...) se nel body hai text-align center. In questo caso il layer non può essere in pos. assoluta.

Se vuoi centrare un layer in pos. assoluta, lo mandi al 50% da sinistra e da top e ci aggiungi un margin-left e un margin-top pari alla metà della dimensione del layer, in valore negativo.

es.

nel css:
#alkian
{position:absolute;left:50%;top:50%;
width:500px;height:400px;
margin-top:-200px;margin-left:-250px;}

nella pagina:
<div id="alkian">quello che ci vuoi mettere</div>

l'unico problema è che non puoi fare un layer troppo grande, altrimenti a 800x600 rischi che ti vada fuori schermo in alto.